衛生福利部委託前衛生署長、慈濟大學公共衛生系兼任教授葉金川主持二代健保總體檢，他說，初步認為，二代健保的基本保費費率4.91%，補充保費費率2%，費用不必調整，到民國105年底，健保財務都不會有問題。
補充保費的收取方式卻有必要調整，葉金川解釋，補充保費現在是一筆一筆收費，應該改成全年結算，超出基本扣除額的部分，一次繳交補充保費，只是基本扣除額該定多少，還有討論空間。
補充保費6大來源，除了高額獎金是累計超出4個月薪資計算，其他兼職所得、股利、利息所得、租金收入、執行業務收入等5項，單筆超過新台幣5000元者，每筆要扣繳2%補充保費，以致於傳出「名嘴領4999元通告費以規避補充保費」的新聞。
還有輿論批評健保費與所得稅的不公平，例如有些民眾僑居他國、駐外、海外經商或留學，每年在台灣住不到半年，未必低所得，卻可豁免申報綜所稅，加入健保也只繳基本保費；還有在台工作的外國人，沒有繳稅給政府，政府卻要分擔外國人的健保費。
「連稅都收不到，怎能收到補充保費？」葉金川說，健保改革不是稅改，有錢人把錢藏起來，連財政部賦稅署都查不到、無法課稅，不能指望衛福部健保署查得到還收得到補充保費。
亞洲大學健康產業管理研究所副教授吳明憲指出，基於國民待遇原則，先進國家將合法居留的外國人，比照本國人納入健保，而不是根據繳稅貢獻來決定該繳多少保費。
吳明憲說，其實來台工作的外國人，所繳的健保費大於使用的健保資源，只有大陸籍配偶在取得中華民國身分證之前，視為外國人參加健保，陸配新來乍到，很快生兒育女，因此使用健保資源大於所繳保費，也感謝這些新移民為台灣的生育率注入活水，貢獻國力。