國道實施eTag以來風波不斷，雖然高公局宣告遠通電收ETC首波稽核過關，但消基會抨擊，民眾都能找出缺失，為何能夠通過稽核委員測試？而且是否安裝eTag，待遇也差很大，非用戶要查詢明細，還得經過層層關卡，國道宛如變成會員制。
高公局委託學者組成稽核小組，於2月1日至4日春節期間，每天抽查7個門架扣款狀況，在總數35萬輛中只有2件因車牌辨識而重複扣款，順利達到單一門架扣款正確率99.9%，以及全天通行扣款正確率99.98%的關鍵績效指標(KPI)，認定首波稽核安全過關，遠通電收免遭罰每天50萬元的罰款。
消基會質疑，一般民眾不斷舉報出眾多的缺失，例如遠通資料庫端錯誤設定，讓eTag的儲值金消失，但全由專家學者組成的稽核委員卻說沒問題，難道高公局、遠通電收與社會大眾，是生活在不同的平行時空嗎？
國道計程收費頻頻發生重複扣款的錯誤狀況，已引發用戶的恐慌和質疑，紛紛上網或以APP查詢交易明細，偏偏又遇到系統大當機。而且eTag用戶須申請帳號才可查詢，非eTag用戶則因遠通電收的個資保護要求，須帶身分證件到遠通直營服務中心查詢，確實造成民眾的不便。消基會痛批，根本是在隱藏執行錯誤的瑕疵。
消基會指出，目前遠通27家直營門市大多在國道休息站，雖然14日起再新增49家加盟門市，顯然不足以滿足民眾需求。另外，非eTag安裝戶到超商儲值繳費時，每筆還須自行負擔5元手續費，同時高公局指稱可以合併列印帳單，但事實上卻發現3天不同里程的帳單，要分3張帳單印出，等於手續費要繳15元，實際運作和高公局說法不一。
消基會進一步認為，高速公路是由全民繳稅建造，為何只有裝eTag才享有優惠，儼然把國道當成會員制。雖然交通部長承諾半年後未裝eTag用戶，通行費也可打9折，但系統轉換期間的成本費用就該由遠通電收承擔。
遠通電收回應，目前設置免儲值手續費據點已超過3,600個，三月中也將開放非eTag用戶申請網路查詢明細的帳戶密碼。至於超商補繳通行費時，系統是以上下半月週期分別打包記帳，須各支付一筆手續費，並非每天分開收費，建議用路人收到平信通知後，再一次補繳上或下半月的通行費以省荷包。