消費者文教基金會指出，國道電子計程收費實施前，民眾在人工收費站繳交通行費，不需負擔額外手續費；實施後反而擾民，民眾到超商繳費，每筆還要被收取新台幣5元手續費；連到同集團的遠傳電信門市繳費，也要被收取5元手續費。
消基會舉例，就連用路人想查詢通行交易明細，不管是直接到遠通門市或郵寄申請書，都需負擔每頁2元的明細費用。
還有消費者若遲繳通行費，也需額外支付作業處理費用50元；開用至今，甚至連用路人想向遠通電收查詢相關資訊，業者仍未提供0800免付費電話，消費者須自行負擔電話費。
消基會質疑，上述什麼都要民眾額外付費之外，一樣是納稅人、出錢興建國道的非會員消費者，存有差別待遇。
例如要查詢通行交易明細，eTag用戶需申請帳號後才可得知，已不便民；eTag用戶如未申請帳號，或非eTag繳費用戶，提供查詢服務的遠通電收直營門市竟僅27家，且多在國道休息站，得先上國道付一段過路費；雖然遠通電收已於2月14日起新增49家遠通服務中心（加盟）開放查詢明細服務，但仍不足。
消基會舉例，交通部長葉匡時2013年10月承諾，未裝eTag的使用者依法通行費也應打9折，但是收費系統程式必須修改，大約在計程收費上路半年後才能實施，根本是自打嘴巴、不攻自破的謊言，質疑高公局為遠通電收開脫。
消基會強調，國道電子收費系統是公共工程BOT案，業者不應只坐收利益，其他相關成本都要求用路人或是國道基金支出。
消基會說，每筆通行費當中，遠通每公里委辦費為0.03554元，又據媒體報導試算，依1天150萬輛車平均跑50公里，遠通就能獲得260萬元，1年就有10億元，扣除營運、建置成本，1年還是能賺5億元，以20年特許營運期估算，遠通就可從ETC委辦案賺取100億元。
消基會呼籲，交通部應認清自己的老闆是納稅人，不是遠通電收，應好好善盡監督業者的職責。