民國98年莫拉克颱風導致中、南部河川嚴重淤積，由於需疏濬土石量龐大，水利署指出，若以過去疏濬方式需要花費19年，才能完成急迫段淤積土石4億立方公尺清運，整體12億立方公尺土石，恐需57年才可清運完成。
為加速疏濬，水利署表示，經由中央與地方合作，擴大災區河川疏濬工作面、適度延長每天疏濬作業時間、增加疏濬土石運輸能力、擴大土石使用需求等措施。
水利署指出，根據統計，自98年災後至103年2月9日止，已疏濬3.26億立方公尺土石，為歷年平均疏濬量3倍以上。
水利署表示，目前已請相關單位把握枯水季期間，加緊進行疏濬作業，目標在今年6月底完成。
另外，水利署指出，透過制度變革，並導入科技化管理，提高巡防取締成效，執行至今疏濬工區未發生盜採案件，且中央管河川區域內盜採砂石件數由99年11件、100年7件，逐年遞減至101年4件、102年4件，顯示取締盜採已具成效。