卓伯仲遭檢方查出涉嫌對縣府人員施壓，讓特定廠商取得縣府環保袋採購案，涉嫌圖利特定廠商新台幣4900多萬元，又在擔任總統馬英九、副總統吳敦義彰化競選總部職務時，侵占選舉結餘款1800多萬元，彰化地方法院認為卓伯仲涉侵占，判處有期徒刑9年。
卓伯仲在法院判刑後曾對媒體表示，法官不了解選舉，對選舉事務有相當大的誤解，因而重判，他將上訴爭取清白，而彰化地院也確認收到卓伯仲的上訴書。
彰化地檢署今天表示，檢察官也認為，根據被告等人往來的電子郵件紀錄等相關證據資料顯示，卓伯仲等人確有洩漏縣府的採購機密讓內定廠商得標，事後縣府官員也未依規定的規格進行驗收，讓廠商得以違法取得貨款。
檢方認為，卓伯仲和採購案相關承辦人員圖利特定廠商的事實明確，原判決有理由矛盾、理由不備、應調查之證據未予調查、未依證據認定事實等違誤情形，因此依法提起上訴。