陸委會6日表示，海基會副董事長兼祕書長一職將由陸委會副主委張顯耀兼任。陸委會發言人吳美紅表示，此舉將有助於陸委會與海基會的緊密合作。她說：『(原音)未來陸委會在兩岸政策跟協商會扮演更積極的角色。因為適逢海基會的人事改組，這樣的人事安排，有助於整體海、陸工作團隊持續地來緊密合作。』
吳美紅並進一步指出，陸委會副主委兼任海基會祕書長已有前例，分工不會有問題。她說：『(原音)將來在海基會這邊，我想他們內部一定會做到最好的分工，讓這樣的安排發揮最大的功能。』
另外，吳美紅表示，海基會副祕書長馬紹章對兩岸事務長期奉獻心力，嫻熟海基會業務，受到長官高度肯定，因此升任海基會副董事長，但仍兼任副祕書長職務。
根據了解，海基會原本扮演兩岸「白手套」角色，負責協商、交流與服務3大領域，但陸委會主委王郁琦上任以後，原本由海基會主導的兩岸協商，甚至是交流工作，已逐步轉移由陸委會以及相關部會自行負責，海基會漸漸變成服務性質的單位，最大宗的業務是處理兩會參訪交流、文書驗證、關懷台商與台生；尤其是張顯耀兼任海基會最重要的祕書長一職之後，不僅完成王郁琦曾說過的「海陸聯合作戰」，陸委會也會更強勢主導兩岸各種事務。