高中學科中心另提課程檢討報告
依程序，每次新的課綱實施後，教育部與國教院都會追蹤整理高中職等教學現場面臨的問題，再修改調整課綱或課程內容，以此次引發爭議的高中九九課綱為例，先前自然數學領域課綱的調整，就是國教院委託高中學科中心與師大地科系教授張俊彥召集的大學教授檢核小組，討論提出調整建議方案。
王垠指出，繼數學自然領域後，國教院曾再委託高中學科中心課程檢討工作圈，針對包括語文社會等其他領域，彙整高中職教師意見，提出一份高中課綱檢討報告；而對於國文、社會領域課程，學科中心彙整的高中教師意見報告，主要是建議高中課程需更與國中小做垂直整合、也需與高職課程做縱向統整。
至於台大教授王曉波組成的檢核小組提出有關「中國大陸」、「日本殖民統治」名稱等引發外界爭議的調整方案內容，王垠坦承，他本人並未受邀出席任何檢核小組會議，對於檢核小組提出的調整方案內容，他並不清楚、也沒看過，應該要問檢核小組是如何擬出來的。
王垠透露，據他了解，檢核小組好像是自行找幾位高中老師參與討論，提出另一份建議調整報告，並非透過高中學科中心推薦老師參與。而後續的國教院課發會及教育部的課程審議委員會，他也沒有受邀出席任何會議參與討論；所以，外界質疑為何此次國文社會課綱調整如此快速？而是否高中學科中心所提的課程檢討報告、有無被提出一併進行討論？他其實都不清楚、未被告知。