對於公害污染引起的損害賠償問題，行政院說，將透過法律扶助機制協助受害人爭取權益。環保署去年破獲彰化多家電鍍廠暗管偷排造成土壤污染；高雄市政府也稽查發現日月光偷排廢水。
行政院說，由這些重大環境污染案件可以看出，傳統的環保稽查處罰方式，對違法業者已不能產生有效的嚇阻作用。環保署將積極推動「深度稽查」，取代「管末控制」，以抽絲剝繭方式追究污染原因與源頭。
行政院表示，環保署也將透過運用無人航空器（UAS）、3D雷達攝影、遙測衛星影像及透地雷達等科技工具，以科學方式進行長期蒐證與鑑識，達到有效管理的目的。
對於惡意污染環境的違法業者，行政院說，除依法加重裁罰外，也依據「行政罰法」，追討違法者過去因犯罪行為所獲的長期不法利益，並將「加重裁罰」與「追繳不法利得」的作業標準化及模式化，透過教育訓練推展至全國各級環保機關，建立威嚇效果。