科技部攸關台灣未來科技政策發展及經濟命脈，外界關注首任科技部長人選花落誰家，行政院政務委員張善政及朱敬一都是熱門人選，外界以「瑜亮情結」形容，業界則呼籲科技政策勿「雙頭馬車」，無所適從。
國科會官員說，張善政及朱敬一互動、溝通沒有問題，兩人依其職掌召開會議「合情合理」，並無「雙頭馬車」、「瑜亮情結」。
依科技部編制，未來將設2位政務司長及1位需要公務人員資格的常務司長，據了解，已有有志之士對常務司長一職躍躍欲試。
國科會目前3位副主委為牟中原、孫以瀚及年初才接任的林一平，朱敬一多所倚重，且在國內外學術圈均深受尊重；政務司長名額有限，如何取捨，朱敬一傷透腦筋。
不過，國科會副主委室可以說是「校長育成中心」。根據國科會資料，歷任35位副主委中，多達12位曾任大學校長，以轉任清大校長人數最多，一共有4位，包括張明哲、劉兆玄，剛卸任的陳力俊及接任的賀陳弘。
目前仍是大學校長的前副主委包括東華大學吳茂昆、中山楊敦弘、清大陳力俊、中央周景揚、南台科大戴謙和海大張清風。
國科會官員說，副主委多從學界借調，許多人當副主委前就已在學校擔任要職，或多為講座教授等，在國科會當副主委可累積更多行政實務經驗，對管理學校相當有幫助，應是受青睞的原因之一。
朱敬一表示，科技部成立後將進一步結合學界能量與產業，打破過去國科會只管學術的認知，將科技發展帶向新紀元。
展望未來，朱敬一投書媒體說，未來在科技部成立後，希望行政主管不要爭資源、學界個案要避免關說、科研人才不要分顏色。「台灣很小，希望不要形成無關科學的立場對峙，分散力量。」