為了回應社會對食品安全修法的期待，立法院朝野在臨時會期間再度針對有爭議的條文進行最後協商，終於在28日三讀通過「食品安全衛生管理部分條文修正」。
本次修法重點在於對食品遭攙偽、造假的不肖廠商加重罰則和刑度，增加第三方檢驗機制與成立食品安全保護基金，並將複方食品添加物的定義界定清楚，基因改造食品則明確要求查驗登記等條文。
針對食品遭攙偽、造假，條文除了提高罰鍰為新台幣5千萬元以下、刑度從3年提高到5年以下外；如果違法廠商遭起訴，最重更可能被處以新台幣8千萬元的罰金，相關罰緩將成為食安基金的來源。食安基金也在三讀條文中通過法源，用來提供食品安全團體訴訟費用，並補助需要長期追蹤健康狀態的民眾。衛生福利部次長許銘能說：『(原音)食品安全保護基金讓我們消費者在受到食品相關危害的時候，都可以獲得相對的保障。』
另外，基改原料也必須查驗登記，並對食品原料建立流向追蹤系統。至於被質疑會造成貿易障礙的「複方食品添加物」查驗登記部分，三讀條文則是要求複方食品添加物僅限中央主管機關公告准用已登記的單方調配添加物，相關條文也明定無須標示比例，因此不會有機密配方外洩的疑慮。不過，如果查驗發現有未登錄的添加物，就會開罰。食品藥物管理署署長葉明功說：『(原音)我們現在複方定義是一定要我們公告的799個，或者有再來登記單方的裡面的才能用。』
葉明功並指出，新修正的食管法增加許多措施，可以協助行政部門強力打擊不法，要讓投機廠商知所警惕。