eTag爭議不斷，總統馬英九強調，政府非常關注，但希望給一點時間處理。不過，近期因為非eTag用戶的車牌髒污、折損及偽造等情形，已造成其他車主的權益受損，遠通電收呼籲，車主通行國道前，須維持車牌的乾淨與正確性，才能排除不可抗力因素，讓扣款準確性能夠提升。
國內採行計程收費後，每天的通行交易平均達1,400萬筆，累計26天以來，遠通電收處理超過3.4億筆通行交易量，而高公局最新稽核的通行量正確率達99.91%。
目前單日最高的電子收費利用率為95.16%，平均有近5%的非eTag繳費用戶，選擇使用國道之後才繳通行費，以每天常上國道140萬車計算，約有11萬餘沒有申辦eTag。
若車主未申辦eTag上國道，遠通電收僅能靠車牌辨識協助其繳費，儘管有系統與人工的雙軌檢核，仍因車牌嚴重塗污發生錯誤扣款的個案，像車子在澎湖卻被扣款、貨車沒上路卻有欠費等狀況。
遠通電收解釋，全世界的車牌辨識系統，正確率都不可能執行到百分之百，現階段已列管3,000多台異質車牌的車輛，呼籲非eTag用戶上路前，若有車牌髒污、折損及偽造等情形，會造成其他車主的權益受損，疑義車牌號將交給政府加強執法取締。
截至今(27)天，ETC用戶數有567萬，目前平均每天的申裝人數超過3,000人，預計下一波申裝人潮會出現在農曆春節期間。另外，為了迎接春節返鄉與出遊車潮，遠通電收iOS版計程收費APP，也已正式上架，可提供eTag餘額查詢服務。
遠通電收強調，為協助用路人適應計程收費新制度，並配合春節連續假期，今(102)年1月2日至1月15日的通行欠費，將展延自動繳費期限七天，從原本的1月27日順延至2月4日為截止日，以利用路人繳費；若超過自動繳費期仍未繳費者，會再寄發平信通知單提醒繳費。至於若有買賣車子的車主，除了報請監理單位，務必要通知遠通電收，才能處理銜接車籍異動的時間差。