先前爆發食安問題，影響民眾對食品GMP認證制度的信心，工業局自102年10月下旬全面啟動清查認證產品工作，並承諾在103年1月28日前清查完成。
工業局過去4波分別清查食用油脂類、醬油類、果汁類、黃豆加工食品類、粉狀嬰兒配方食品類、水產加工食品類、肉類加工食品類、冷藏調理食品類、糖果類、烘焙食品類、調味醬、乳品類、酒類、麵條、精製糖、澱粉糖、麵粉類等認證產品，合計達1707個品項。
根據工業局統計，食品GMP認證品項合計3622項，目前已清查完成1707項，還剩下1915項，預期工業局將在28日前公布其餘飲料（非果汁）、食用冰品、罐頭、機能性食品、冷凍食品及其他一般食品等6類清查結果。