所謂舉證反轉，指的是一旦消費者吃出問題，食品業者要自證清白。國民黨立委、中華民國醫師公會全國聯合會理事長蘇清泉說，如果消費者事隔多年反咬當年食物疑似致癌，食品業者難以舉證，況且消費者自身飲食習慣、生活環境、疾病史等因素，不能排除也有致癌風險。
綜合朝野版的草案，本次食品衛生管理管法修法三大重點，分別為：攙偽造假食物加重罰責最高可達新台幣5000萬元及刑責5年、複方食品添加物應「查驗登記」、增加第三方查驗機制。其中，加重刑責及罰鍰，朝野均無異議。
食藥署長葉明功主張，複方食品添加物的查驗登記，會形成貿易障礙，不如以今年上路的食品添加物 「強制登錄」加上第三方查驗機制，加強管理。過去台灣實施食品添加物全面查驗登記，為了符合WTO會員國的一致規範，才在2000年初，立法院修正食管法予以簡化。
葉明功認為，現況是799種單方食品添加物都要查驗登記，複方添加物是單方的排列組合，可能多達20萬到30萬種，如果全面查驗登記，大要花30年，說得容易做起來難。而且，業者調整配方就要重來一次，就連做豆腐的添加物，沒有查驗登記就不能做豆腐。
不過，已故毒物科名醫林杰樑的妻子譚敦慈等人指出，近年來發生的塑化劑污染食品、順丁烯二酸酐化製澱粉、食用油添加銅葉綠素等重大食安事件，都是食品添加物惹的禍，食品添加物無所不在，要求修法從嚴管理，讓民眾有知情權利，了解自己到底吃了什麼。
至於食品添加物「全成分標示」則是去年食管法修正後的新規定，食藥署日前預告實施細節，相關食品業者卻認為，新規定觸及業界「祖傳秘方」、「配方機密」商業底限，如果再加上這次修法，紛紛拜會立法院委員辦公室及衛福部長，盼能事緩則圓。
衛福部的立場是「全成分標示」是法條明文規定，相關規定正在預告期間，蒐集各方意見，可以討論雲端標示複方成分、天然香料簡化標示的彈性作法。
董氏基金會營養組主任許惠玉說，現行的添加物標示過於簡化，以可口可樂為例，經查在美國、加拿大、日本、中國大陸、法國、巴西等10餘國，產品成分都有標示「咖啡因」，但到了台灣，卻只以「香料（含咖啡因）」標示，易使消費者誤解，也可能讓兒童、青少年和孕婦等特殊族群有過量攝取的風險。
董氏基金會呼籲，食藥署也應明確訂定香料之定義，如乳化劑、定香劑、調味劑等應視為食品添加物，依法不得概括歸納只標示為「香料」。