馬英九總統在25日下午約3時半(台北時間24日23時半)抵達聖多美普林西比，聖多美總統賓多親自以軍禮迎接馬總統，雖然旅途勞頓，但總統臉上始終掛滿笑容，並在聖國民眾的熱烈歡迎下正式展開訪問活動。
總統專機要降落聖多美機場之前還發生一段插曲，在飛機已經完成降落進場的程序之後，機長突然宣布，塔台通知賓多總統趕不及歡迎儀式，所以原訂降落時間延後，飛機必須重新加速爬升，並在外海盤旋，20分鐘之後才會降落。
不過，總統府發言人李佳霏隨後主動澄清這段「遲到」插曲，李佳霏說：『(原音)按照我們駐聖多美普林西比大使的說法，是說他(賓多)在2時40分就已抵達機場就位，準備迎接馬總統，事實上我們華航飛機是比原訂3點鐘時間提早到上空準備下降，我在這邊特別澄清，賓多總統按照大使館規劃的儀節，他是按既定的時間抵達，並沒有晚到的情況。』
李佳霏表示，馬總統尊重賓多總統以及聖多美的接待，雙方在機場貴賓室的首次會面也非常愉快，總統的心情完全沒有受到任何影響。