遠航表示，關於營運準備金計算公式，遠航已多次懇切向主管機關申訴，惟尚未獲得主管機關接受，遠航未來將持續向主管機關說明。
遠航表示，在目前團隊經營下，營運已上軌道，公司不僅獲利，也增聘人力，並為基層員工加薪，在不景氣狀況下，為國內企業楷模。且遠航有充足資金可供提撥，惟目前公司仍在重整中，仍有部分債權銀行抗告，如果遠航依公式提撥鉅額營運金至銀行帳戶，恐被債權銀行假扣押，對司營運不利。
遠航強調，營運準備金公式不合理；如果依這個公式計算，國籍航空公司都需提撥鉅額資金，恐無任何航空公司可以達到標準。況且，有哪家營運中公司會閒置鉅額資金於銀行中，而不用於公司穩健經營所需。
遠航聲明，公司營運已上軌道，不僅提供離島及兩岸旅客服務，也照顧700多位員工家庭，主管單位限縮遠航的國際航班，影響遠航的營收，每個月短少3000、4000萬元；民航局用這種方式處罰遠航，是對認真的人不公平。