《台日漁業協定》所規範水域內作業的台日雙方漁業者間21～22日在台灣台北市內進行會商，雙方主張無法達成協議，23日起將開始台日政府層級的協商交涉。
根據日本《沖繩時報》23日的報導，日本農林水產省轄下的水產廳為了能促成作業規範的制定，以徹夜協商亦在所不辭的覺悟，不排除與台灣進行馬拉松交涉。但是本次協商的焦點在「漁船間的距離」，預期台日雙方將互不相讓，因此委員會很有可能無法達成協議。
根據出席者指出，台灣方面認為，現場漁業者無法理解認同日本堅持漁船間距離為4海里(約為7.4公里)的主張。如果日本仍堅持4海里的漁船間距離的話，制訂作業規範將有困難。
日本方面則說明，去年黑鮪魚漁期中，因為擔憂捕抓黑鮪魚的延繩纏繞糾結，漁業者只好減少出海作業。因此在《台日漁業協定》所規範的水域內作業，4海里的間隔是必要的。
台日雙方漁業者間在22日上午的會議中無法達成協議，下午則召開台日漁業者6人代表會議，確認了將委由兩國政府機關針對作業規範的制定進行交涉協商。同日在集思台大會議中心舉行的台日政府機關的事務層級會議依然沒有解決爭議，因此決定延續到23日開始的台日漁業委員會上加以決定。
23日的委員會則將討論並正式決議去年12月台日漁業者間會議中同意的事項。台日雙方將共同在漁船上備設無線機器，以及海上不放棄延繩等漁具、促進漁業者加入保險等相互同意事項。之後再來討論作業規範。
沖繩縣漁業協同組合聯合會會長國吉真孝(KUNIYOSHI, Masataka)表示，「雖然在漁船間的距離上無法讓步，但希望能雙方集思廣益共同找出解決的辦法來」。負責台日漁業委員會交涉的國際顧問宮原正典(MIYAHARA, Masanori)(譯註：同時也是日本水產廳次長)則說，「沖繩和台灣之間非共同協力合作使漁船得以作業不可。本週內為了制定出作業規範，就算徹夜未眠也將進行交涉協商。」