國防部強調，早在民進黨執政時期，政府各單位就已經達成共識，歡迎林毅夫返國，但必須接受我國法律制裁，為其當年的叛逃投敵罪付出應有的代價。
軍方指出，高等軍事法院是在民國九十一年十一月十五日依法對林毅夫發布通緝；軍審法修正後，林案在今年一月十三日移金門高分檢接辦，同日發布通緝。
對於監委的動作，軍方官員指出，政府施政有其一貫性，對林案依法處理的立場沒有改變，總統府在民國一○一年三月二十二日也曾發表聲明：「林毅夫目前仍在通緝中，中華民國是法治國家，林員若返台到案，將由軍法機關依中華民國法律辦理（註：當時軍審法尚未修正），沒有模糊空間，也沒有任何例外。」
官員指出，軍方不願對監委就林案約詢法務部的動作有任何揣測，但林毅夫投敵罪十分明確，沒有任何鬆動的空間，希望在軍審法修正、司法接辦後，司法單位對林案也沒有鬆動的空間，否則軍人對於信守國家忠誠核心價值將會產生混淆，屆時嚴重衝擊國家安全。