葉匡時近日被指接受神腦國際企業股份有限公司總裁林保雍設宴慶生，引發爭議。
馬總統16日應邀出席行政院研考會感恩茶會說，研考會具有許多優良傳統，例如同仁出去考察，絕不接受招待。這一番談話被媒體解讀是針對葉匡時。
不過，府方人士指出，總統16日在研考會的講話，「完全與葉部長無關」，只是研考會管考處的標準作業流程；總統是把自己20多年前在研考會任職的經驗跟大家分享，特別是管考處負責國營事業考成，所以要求的標準比一般公務人員還要高，「總統當天的講話就是這個意思而已。」
此外，有關內閣人事，府方人士說，中華民國是雙首長制，過去幾年來內閣閣員都是行政院長提請總統任命之，因此，這些內閣人事都是總統跟院長的共同決定。