洪堡基金會主席施瓦茲（Helmut Schwarz）曾多次訪問台灣，與台灣學界互動密切。
基金會也是行政院國家科學委員會合作夥伴之一。2006年起雙方合作頒發杜聰明－洪堡研究獎，促進頂尖學者交流，中央研究院院長翁啟惠即是洪堡研究獎得主，2008年諾貝爾醫學獎得主之一郝森（Harald zur Hausen）也曾獲頒杜聰明獎。
國立中興大學校長李德財在去年11月也曾應德國洪堡基金會邀請，參加基金會在柏林舉行的會議。
創立於1953年的洪堡基金會是德國重要的科技補助機構，隸屬德國外交部，主要任務是資助國外優秀學者到德國，或德國學者赴國外進行學術研究。