台聯在民國99年4月間，以「你是否同意政府與中國簽訂『兩岸經濟合作架構協議』(ECFA)？」為題，向中選會提案舉辦公投，但遭到中選會駁回。
黃昆輝不滿中央選舉委員會駁回台聯ECFA公民投票案，提起行政訴訟；台北高等行政法院今天判決駁回。
黃昆輝召開記者會指出，司法淪為政治打手，自甘墮落，行政霸凌司法，非常不可思議，他絕對上訴力爭到底。
黃昆輝說，公投是人民的基本權利，大法官解釋已經很清楚，中選會的職責在於輔佐人民行使公投權，而非「審議」人民有無公投之權；行政院公投審議委員會不得就公投提案做實質審查，這是非常明確的；但是馬政府卻以行政強暴民意，強行阻止人民公投權。
他說，此公投案提出已3年多，人民的權利還沒有得到平反，ECFA已經實施多年，台灣經濟一再向下沉淪，現在人民更能看清楚ECFA對台灣的傷害，沒有公投就實施的ECFA沒有民意支持，應該予以中止。