國道收費系統上路後問題多，元旦當天更因為程式設計缺陷發生系統大當機，引發民眾強烈批評。
交通部長葉匡時16日在行政院會表示，eTag系統當機確定沒有個資外洩的疑慮，交通部已經要求遠通公司增加客服人員，並儘速改善缺失；遠通公司也承諾會在3個月內讓50%的收費員轉職完成。葉匡時並透露，因為收費系統頻出狀況，高公局長曾大仁已經自請處分。
行政院長江宜樺則在院會裁示，雖然是BOT廠商出狀況，但是國道收費系統帶有濃厚公共設施色彩，相關部會應該積極處理、不可輕忽，以符合民眾的期待。江宜樺並要求交通部對高公局做出行政懲處。行政院發言人鄭麗文轉述說：『(原音)院長也特別強調，必須要求遠通負起所有應該負的責任，並且儘速改善服務態度，以獲得用路人信任，才是最重要的工作。院長也同時裁示，請交通部對高公局做出行政懲處，並且要求高公局做徹底、全面性的檢討。』
江宜樺指出，政府部門面對攸關消費者的事項時，應該積極尋求法律和政策工具，積極保護消費者和大眾的權益，不能只是道德勸說，也應要求業者負起責任，改善服務態度。