處於「多事之秋」的遠通電收，不只傳出其APP未被駭客攻擊，被質疑有「亂掰」之嫌，更遭週刊爆料暴賺百億元，eTag儲值利息盡收口袋，系統無國外認證、測試草率，甚至因利用率未達標、系統建置落後，理應受罰卻拖延不罰。對此，遠通電收致歉承諾將強化APP品質，在整體系統完善前，總經理不支薪以示誠意，並澄清表示目前已虧損達38億元，「暴賺」並非事實，強調一切依合約行事。
國道計程收費才剛上路，eTag卻頻頻出包，元旦實施當日(1/1)發現連線暴量，導致計程收費查詢APP服務暫停。遠通電收第一時間聲稱疑似遭駭客攻擊，所以為保障用戶資料安全，便立即將APP主機隔離，並向警方報案。
不料，今(15)日有媒體報導，根據行政院國家資通安全會報技術服務中心調查，從日誌檔記錄分析結果發現，計程收費查詢APP因委外包商程式設計不良，再加上頻寬不足，才會發生網路被「塞爆」情況，並非受到駭客惡意攻擊行為導致，質疑有「亂掰」的嫌疑。
對此，遠通電收回應表示，由於對APP軟體開發的督導不周，造成社會困擾，向大眾致上歉意。除了承諾強化APP的品質外，為了表達計程收費上路以來，各項疏失對社會大眾造成的不便，總經理張永昌決定在交通部確認計程收費完善前都不支薪，以示負責。
至於針對週刊報導遠通公司收暴賺百億、儲值利息全收…等內容，遠通電收則一一反擊強調，截至目前為止虧損已高達38億元，預計12年後BOT合約屆滿，報酬率甚至還是負值，根本沒有「暴賺」。而收取車主儲值eTag金額的利息，實際上是為減輕高公局支付委辦服務費用的負擔。
另外，遠通電收進一步指出，由於招商文件只有在投標階段，系統才須經國外認證，測試部分則是經高公局計次階段系統查核驗證，均是依約依法辦理。對於報導指稱「罰款拖延不罰」一事，相關爭議依契約規定，提請協調委員會處理後，但無共識，已再提起民事訴訟解決爭議中。