遠通電收說，在20年ETC合約期間，含計次系統建置、計程系統建置與後續更新汰換成本，合計將超過100億元。遠通電收為配合政府計程ETC政策，提供免費eTag黏貼、OBU退費等，支出超過17億元。
遠通電收計算每年還需支出營運成本超過10億元，主要包含車道與IT系統維運費用、門市及服務中心營運費用、營管費用等，20年營運成本合計超過200億元。
遠通電收說，目前累計虧損已逾38億元，預計合約屆滿時，ETC案報酬率為負值。
有關壹週刊報導，「車主儲值eTag金額之利息，遠通全收」，遠通電收說明，實為減輕高速公路局支付遠通電收委辦服務費用的負擔。
高公局說明，招標規範就明訂，業者的收入來自委辦費與eTag儲值金利息，當時遠通計算投資報酬率時的利息較高，算出委辦費是每車每里0.03554元；事實上，現在遠通實際拿到的利息，不到當初預估的一半，遠通寧願不要利息，重新算委辦費會更有利。