刑事局說，修法後恐對治安層面造成極大影響，5大項包含新法設計疏漏、聲請程序繁瑣、案件管轄一人一案耗費資源、衝擊165反詐騙專線、妨礙兩岸和跨國打擊犯罪合作。
在修法設計有疏漏部分，刑事局表示，若嫌疑人犯的是本刑未滿3年有期徒刑罪行，包含電話恐嚇、網路公然侮辱、網路色情、侵占手機或電話騷擾、謊報災害等，因都屬民眾生活中常遇到犯罪，若無法調通聯，將嚴重影響民眾身心安全。
刑事局提到過去偵辦重大矚目社會案件為例，像高鐵爆炸案，因即時調閱通聯紀錄和使用者資料，迅速掌握嫌犯身分，最短時間逮人，修法後，調通聯需陳報檢察官向法官聲請，恐無法及時掌握嫌犯身分。
近年來，詐騙集團常使用人頭卡規避查緝，刑事局說，過去只要向電信公司申請調閱通聯，當天就可取得，修法後，調閱程序要經檢察官核復，再向電信公司調閱，影響掌握犯嫌身分時機點。
刑事局指出，偵辦重大案件常因案情複雜，且涉案對象眾多，需即時性、經常性調通聯和使用者資料，修法後，演變成一人一案除耗費資源，也難判定法院管轄權。
對於民眾常遇到詐騙問題，刑事局提出165反詐騙專線統計數據，截至目前為止，每天受理約2000多起檢舉和被害案件，若無法調閱通聯，恐難有效預防詐騙，更難追溯詐騙集團源頭。
通保法修法後也會影響兩岸及跨國打擊犯罪合作，刑事局表示，因跨國犯罪嫌疑人常使用境外門號，規避查緝，要調閱境外門號和國內通信紀錄，才能有效釐清犯嫌身分和共犯關係。
刑事局說，依兩岸及跨國合作共同打擊犯罪機制，查緝境外或逃入國內犯嫌案件，會和其他國家檢警單位交換情資，開始查緝時，必須要從嫌疑人持用手機釐清身分，若修法後，因難以確認電話所在地點管轄，無法聲請通聯，影響兩岸和跨國打擊犯罪成效。
承辦多起重大刑案的刑警直言，通保法修法主要原因是從9月政爭開始，因涉及民眾治安層面，相關修法單位應更加謹慎，而不是只考量單一層面，「對未來治安感到憂心」。1030115