國道計程收費才上路不久就狀況百出，引發民眾質疑遠通電收系統不佳為何還能承攬ETC業務，《壹週刊》今(15)日的報導即指出，遠東集團董事長徐旭東與政府高層關係良好，才讓政府不斷放水、包庇。報導更說明，扣除成本，遠通20年就可賺到1百億元的委辦費。對此，遠通電收則喊冤，ETC案非但沒有暴賺，目前累計虧損已逾38億，預計在12年後BOT合約屆滿時，ETC案報酬率為負值。
最新出版的《壹週刊》報導指出，遠通自2003年搶標ETC案開始，政府就提供各項縱容手段，包括「打9折全民買單、罰款拖延不罰、eTag無國外認證，及草率查核eTag準確率」等，讓遠通即使eTag狀況不斷，也不用擔心遭政府處罰。
另外，報導還說，遠通每公里委辦費為0.03554元，依1天150萬輛車平均跑50公里，遠通就能獲得260萬元，1年就有10億元，扣除營運、建置成本，1年還是能賺5億元，以20年特許營運期估算，遠通就可從ETC委辦案賺取100億元。
針對媒體報導，遠通電收則澄清指出，遠通電收於ETC合約期間，含計次系統建置、計程系統建置與後續更新汰換成本合計將超過100億。另外，遠通還提供免費eTag黏貼、OBU退費等，支出超過17億，加上每年需支出營運成本超過10億，20年營運成本合計超過200億，投資報酬為負值。
另外，遠通說明，依據ETC招商文件「因用路人使用電子收費預先繳納的押金及儲值額所產生之利息收入」納入「影響委辦服務費費率之因素」之一，因此報導指出通行費儲值金額利息收入，事實上皆用來減輕高公局支付遠通電收委辦服務的費用，並無車主儲值eTag金額之利息，遠通全收一事。
至於遲未繳納罰款，遠通表示，相關爭議遠通電收已依契約約定，提請由社會公正人士所組成的協調委員會處理，因雙方對協調建議無共識，因此再依約提起民事訴訟解決爭議中。