立法院經濟委員會去年11月27日初審通過流域綜合治理特別條例草案，有關治水經費上限及施行期間，行政院版是6年600億元，以特別預算方式編列；民主進步黨團版是8年800億元；中國國民黨籍立法委員翁重鈞提案建議6年1000億元，朝野缺乏共識，送交朝野協商。
立法院長王金平下午召集協商達成共識，治水預算從6年600億元提高到660億元，且增列條文明列預算分配，河川及區域排水上限為420億元；雨水下水道為90億元；農田排水、水產養殖排水、上游坡地水土保持及治山防洪為150億元。
此外，行政院版草案規定，經費來源得舉借債務或出售政府持有事業股份方式辦理，不受公共債務法規定限制。
朝野協商達成共識，條例自公布日施行至民國108年12月31日止。
此外，朝野協商達共識，將通過附帶決議要求流域綜合治理計畫應即納入地方政府針對易淹水地區治理計畫及其後續治理已規劃部分優先執行。