陸軍去年發生下士洪仲丘疑遭虐死案後，立院三讀通過軍事審判法修法，現役軍人非戰時犯罪改由一般司法機關追訴、審理，分兩階段執行，洪仲丘案適用。
據國防部資料，經與司法院、法務部召開協調會、研討後，達成共識，預計移送160件審判案件、280件檢察案件（含通緝、執行等案件），收容人移轉部分，執行中有65人，偵查審理有9人，合計約74人。
移監預計從明天上午8時餘開始，國防部已把名冊提供給法務部，包括叛逃中國大陸的前陸軍連長林毅夫、潛逃出境的前國安局上校組長劉冠軍、以及前年7月潛逃英國的軍情局女中尉葉玫等人，未來是否繼續通緝，則由司法機關審核決定。
另外，最高軍事法院暨檢察署軍法軍官38人編成北、南法律服務中心，處理刑事補償案件、求償訴訟和行政院軍事冤案申訴委員會案件等；高等以下軍事院檢軍法官約246人則編配到聯兵旅級以上部隊，處理司法聯繫、法律服務等事項。
國防部說，台南監獄和南、北軍事看守所裁撤，台南監獄和北部軍事守所移交法務部矯正署。