海基會副董事長兼祕書長高孔廉以個人生涯規劃為由，經證實已遞出辭呈，擬於2月6日離職。雖然外傳其與董事長林中森不合，但陸委會主委王郁琦和林中森今(10)日在立法院受訪時都表示，2人之間應該沒什麼心結，林中森更3度強調與高孔廉「合作無間」。海基會發言人馬紹章進一步指出，這種說法是子虛烏有，林中森非常倚重高孔廉；對於高孔廉離職是否會影響兩岸協商工作？馬紹章說，不會受到影響。
高孔廉原本在2012年9月前海基會董事長江丙坤卸任時，即提出辭呈，但經府院高層及海基會董事長林中森一再慰留，決定暫時留任；但高孔廉於去年中秋節期間再度萌生辭意，自覺已完成階段性任務，再加上另有生涯規劃，擬在春節聯誼會與台商道別後離職。由於高孔廉辭意甚堅，府方表示，馬英九總統已知情，相關人事案將交由海基會說明；而林中森也已經同意讓他離職，該人事案將等2月海基會董監事會議通過後，即可生效。
外傳高孔廉請辭是因為和林中森有心結？王郁琦表示，據他了解，高孔廉應該是有表達想休息的意願，和林中森之間的相處應該沒什麼問題；海基會在林上任後業務順暢，與陸委會之間的互動也沒有太大問題。媒體追問高孔廉未來是否會擔任兩岸互設機構的首任代表？王郁琦說，該案在立院都還沒開始審議，中國對於最基本的人道探視權也未鬆口，現在談首任代表「言之過早」。
林中森上午到立院參加台灣團結聯盟籍立法委員黃文玲告別立法院感恩茶會前受訪也表示，他從上任第1天就懇切慰留高孔廉至今，「已經留500天了」，但既然高孔廉堅定懇辭，海基會尊重，他也非常感謝高孔廉在職期間給予的很多協助，幫海基會很多忙，為表彰高孔廉在這段期間的種種貢獻，他已批示函報陸委會建請總統表揚。至於接任人選，他說，現在還沒決定。
而海基會發言人馬紹章則表示，面對兩岸後續的協商與交流工作，海基會擁有完整制度，團隊經驗豐富，相關工作不會受到影響。
高孔廉從事兩岸事務超過20年，早在行政院研究發展考核委員會副主委期間，就與時任研考會主委的馬英九負責行政院大陸工作會報，該會報後來演變為現在的陸委會，高孔廉並擔任陸委會成立後的第1任副主委，2008年，高孔廉與江丙坤進入海基會至今。