外交部上午發布新聞稿說，民國102年4月18日就約詢蕭姓秘書釐清案情，並指派政風處於當月派員前往駐越南台北經濟文化辦事處實地調查。外交部第一時間主動派員前往越南深入調查，並逐一訪談所有相關人士，查核有關檔卷，完成初步調查程序。
經相關案卷資料比對分析，外交部發現確有明顯行政作業瑕疵，但是否確有勾結業者收受不當利益，囿於外交部行政調查侷限性及政風處人員無強制處分權，為深入客觀釐清事實真相，102年5月23日主動將本案移送司法機關調查偵處，目前由台北地方法院檢察署指揮法務部調查局北部地區機動工作組偵辦，案發至今外交部多次配合監察院及司法單位相關調查並提供相關案卷。
外交部表示，內部調查程序後，102年1月31日將蕭姓秘書調回本部辦事並同步議處相關人員行政疏失或督導不周之責，蕭姓秘書經外交部考績會決議記過兩次。鑒於相關司法機關仍持續偵查，外交部尊重「偵查不公開」原則，未便續就相關案情評論，並充分配合司法調查。
外交部重申，本案發生至今，外交部依外交部長林永樂指示秉「毋枉毋縱」、「公正公平」及「依法嚴謹處理」，並充分配合司法單位進一步調查，除已追究相關人員行政弊失責任，並通電所有駐外館處落實領務簽證核發作業行為規範，改善相關機制，另要求避免承辦簽證人員與當地仲介領務案件業者，有任何不當接觸往來。
外交部說，除充分配合司法調查，也再次要求所有部內及駐外人員，公務人員務必奉公守法，廉潔自持，維護外交人員良好形象。