大馬內政部說，經過社團註冊局檢查記錄後證實，大馬非政府組織聯盟並未依據1966年社團法令註冊。
內政部表示，此聯盟由54個非伊斯蘭組織組成，但只有15個是已註冊組織。
內政部強調，若任何組織需要在大馬境內舉行合法活動，必須依據1966年社團法令，向社團註冊局登記，否則當局可以依法採取行動。
大馬非政府組織聯盟是近期最受矚目的推動人權組織，成立目的是為特定族群爭取非伊斯蘭教義定義下的權益，例如女同性戀、男同性戀、雙性戀、跨性別、中性人等。
由於大馬非政府組織聯盟近期以「大馬非政府組織」名義向聯合國人權理事會呈交報告，以進行每4年一度在日內瓦舉行的普遍定期審議。不過大馬內政部經過審核後，否決此一組織的合法性，導致此一組織未來在大馬可能無法推動任何的人權活動。