財政部表示，考量兩岸經貿投資往來及人員交流日益密切，臺商企業及員工面臨兩岸重複課稅的風險日益升高，財政部配合行政院大陸委員會的規劃，與大陸洽商兩岸租稅協議，以提升臺商對外競爭力及增加臺灣投資環境的吸引力。
財政部表示，兩岸租稅協議是雙方參照國際稅約範本，本於平等互惠原則，就跨境活動所產生的各類所得，商訂合宜減免稅措施及雙方稅務合作範圍。透過兩岸租稅協議的減免稅措施，可減輕人民及企業所得稅負；經由相互協議程序，可進行雙邊預先訂價協議，減少關係企業移轉訂價調整所產生的重複課稅風險，增加稅負確定性。
另外，為確認投資人是否符合適用該協議減免稅優惠的資格，及相互協助防杜逃漏稅以維護租稅公平，兩岸稅務合作範圍，與我國已生效的25個租稅協定相同，均納入「資訊交換」條文。
鑑於以往政府大陸投資政策原則規定需經過第三地區公司間接投資大陸，臺商可能藉此進行租稅規劃致有不符合兩岸稅法規定的情形，隨著全球合作打擊逃漏稅已成國際趨勢，此等租稅規劃面臨各國稅捐機關質疑及挑戰的風險日益升高，臺商宜儘早調整。
財政部進一步表示，為爭取臺商企業調整投資架構、兩岸交易模式及臺籍員工薪資給付方式的時間與空間，兩岸租稅協議的資訊交換，特別納入「不溯及既往」、「不作刑事起訴」、「不作稅務外用途」及「不是具體個案不提供」4不原則，限縮資訊交換適用範圍，以彰顯兩岸租稅協議避免雙重課稅的本旨。
財政部表示，兩岸租稅協議的資訊交換僅限於「個案資訊交換」，並非定期自動提供所有臺商企業及臺籍員工的全部所得資訊給對方，供其歸戶課稅。
以臺籍員工為例，大陸稅捐機關係於該員工辦理大陸所得稅申報後，依其內部選案機制進行選案查核，而該員工的居住地是否與大陸簽署租稅協定（議）絕非選案要件之一；臺籍員工的所得稅申報若經選案查核，大陸稅捐機關將先依內部法令進行查核並蒐集相關課稅資訊，其掌握具體逃漏稅事實，且確認部分無法取得的資訊可能為我方稅捐機關所掌握時，才會敘明情節，個案請求我方進行資訊交換。
我方主管機關（財政部）收到請求後，基於保護納稅人權利的立場，將依國際標準審慎進行逐項檢查，確認符合資訊交換規定範圍及要件（例如：已具體敘明其懷疑逃漏稅的情節，所要求的資訊僅限於雙方居住者、僅與所得稅有關、為我方稅捐機關依一般正常程序所能蒐集且為協議生效後年度的資訊等），始有蒐集及提供資訊的義務，並非照單全收。
財政部強調，因此，在大陸短報所得的臺籍員工，依現行大陸稅法及選案機制即已面臨查核風險，兩岸租稅協議資訊交換訂有重重限制，並不會提高其被大陸查核的風險。
又臺商如果將臺籍高階員工的部分薪資透過第三地區（例如香港、新加坡及英屬維京群島等）給付，只向大陸申報極低的薪資所得，即使沒有兩岸租稅協議，大陸稅捐機關亦可透過其與第三地區（例如香港、新加坡）簽訂98個全面性租稅協定、9個單項資訊交換協定（例如英屬維京群島）或其於去(2013)年8月簽署「多邊稅收徵管互助公約」取得臺商於第三地區給付薪資的課稅資訊，該等臺籍高階員工目前已曝露於大陸稅捐機關查核補稅的風險。
再者，第三地區給付薪資的資訊，非屬我方稅捐機關依一般正常程序所能掌握的資訊，無法依據兩岸租稅協議進行提供；至於其在臺灣給付的薪資，如屬臺灣地區來源所得，我方具有優先課稅的權利，如果提供予大陸，對我方並無租稅利益，亦無依兩岸租稅協議提供資訊的義務。
財政部強調，兩岸租稅協議簽署後並不會提高臺商被查稅的風險；反的，有協議可提供臺商在大陸各項租稅爭議的溝通平台，並有助於提升臺商在大陸競爭力。