北市府發言人張其強表示，法務部上午已向台北市捷運局說明，並未函示內政部及交通部，不了解媒體報導內容從何而來。
台北市長郝龍斌在市政會議後記者會也澄清表示，去年12月初法務部給捷運局的公文清楚指出，尊重相關主管機關代理聯合開發的權責解釋。
捷運局長蔡輝昇補充說明，公文內容指出，此案徵收土地移轉為私有的適法性等，經法務部去年2月23日函復監察院監察調查處表示意見在案，法務部尊重相關主管機關「有關辦理聯合開發的捷運交通用地，不受土地法第14條第1項第5款的限制」的權責解釋。
至於「美河市」案權配問題部分，蔡輝昇說，最初新店機廠聯合開發案徵收土地逾99%，確有此事；但徵收土地後，先蓋新店機廠和捷運小碧潭站，這屬捷運設施、面積占逾30%。
此外，剩下聯合開發部分約67%，其中公地主約占96%；經過權配後，公地主為30.75%、投資人為69.25%，目前正依監察院意見，重新辦理土地貢獻及建造成本重新鑑價。蔡輝昇說，照此權配計算，北市府總面積比占48.88%，並非報載37.75%，且完成重新鑑價後將再提高。
根據媒體報導，法務部發函交通部和內政部指出，北市府以聯合開發方式徵收美河市土地如須移轉私人，依大法官解釋，應以法律明定或明確授權行政機關訂定法規命令，始得為之；但「美河市」建案法源依據為大眾捷運法，但此法並無授權規定，全案有違憲之虞。