嘉義長庚紀念醫院藥劑科組長張展維指出，咖啡因和特定藥物會產生交互作用，不但會使藥效增強或增弱，嚴重時也會造成副作用；像是具有抗焦慮、鎮靜等效果的苯二氮平類藥物，這時若攝取過多咖啡因，恐使藥效減弱，造成反作用，增加副作用的機會。
另外，含有類麻黃素的感冒藥，因有類似咖啡因的效果，若又重複攝取含咖啡因的食物，恐會刺激心血管等現象；張展維組長表示，其實不只咖啡，像是口服液、茶、可樂等都含有咖啡因成分，服藥期間最好避免飲用，才能降低影響藥效等現象。
衛生福利部建議，每人每天咖啡因攝取量應避免超過300毫克，若服藥又要飲用時，則應先諮詢專業醫師的建議；張展維提醒，消除疲勞不一定要仰賴咖啡因，透過均衡飲食和運動，長期下來相對也能改善疲勞的狀況。
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