行政院通過「流域綜合治理特別條例」已經送立法院審議，未來6年將花費新台幣600億的經費，繼續針對易淹水地區治水，並融入國土防災、立體防洪、綜合治水和流域治理的概念，整體規劃。
國民黨主席馬英九18日在國民黨中常會聽取經濟部報告後裁示，易淹水地區的面積是1,150平方公里，8年800億的經費已經整治500平方公里，康芮颱風侵襲時，雨雖然下得更大，但是淹水面積減少，顯示治水特別預算有成效，但仍須加強。
馬英九表示，6年600億將優先選擇容易淹水的300平方公里進行整治。他說：『(原音)所以各位是有成效，但是不夠，因為原來1,150平方公里的易淹水地區，我們完成500平方公里，這是帳面上的，實際上是538平方公里，超過原來預期，但是還沒到達一半，也就是575；現在再加上600億，就希望把當中最優先需要做的300平方公里拿出來，剩下的再交給地方政府去做，大概是這樣的方式。』
馬英九也表示，待立法院通過特別預算之後，各相關部會應做好橫向溝通，且在執行經費時要避免發生弊端。