「教育創新」是首度出現納入自經區；經建會主委管中閔表示，主要是希望透過設立實驗性質大學或學院，促進教育創新發展。
在推動做法上，將以試點方式，排除「大學法」等相關法令規範，放寬設校條件、招生修業、人事財務等限制，提高學校自主管理程度。
管︰實驗大學 只許設三到五家
管中閔強調，國內外公私立學校（不包含中國）都可申請設立，不限制聘用國內或國外師資，也不限制招收國內或國外學生；但只會允許設立三到五家，政府不提供任何經費補助。
管中閔認為，初期比較可能的還是國內學校自己新設小型實驗學院，若可以成功，未來就有機會吸引國際名校來台設立分校，讓台灣成為亞洲人才集散地（Hub）。
醫療院所 取消第二階段公司化
五項創新重點中的農業加值、智慧運籌幾乎維持原有規劃，只是後者更名為智慧物流；國際醫療改名為國際健康，且考量醫界反彈，取消第二階段公司化規劃，改為成立「國際健康產業園區」。
至於新增民間可透過與地方政府合作開發方式申設為自經區，經建會處長詹方冠表示，主要是鼓勵民間與政府合作，並開出一條民間可參與自經區的路。
他舉例，目前遠雄與交通部在桃園自由貿易港的合作就是案例，類似此模式，企業可以出資、出地或營運方式與地方政府合作，向中央政府申設。