每年6至7月台灣芒果與荔枝外銷日本旺季，也是興大農產品農藥殘留檢測中心最忙碌的時候；由於芒果不耐儲藏，日本5月底就會派出3名檢疫官駐官，觀看檢疫流程，送檢驗的芒果在掃描條碼接件後起算，24小時內將檢驗報告送農委會，而荔枝則是36小時交報告。
興大農產品農藥殘留檢測中心人員表示，這段期間只能用「沒日沒夜」來形容，檢測人員的時間壓力很大，旺季時幾乎沒有假日，無論刮風或下雨，只要有農民採樣送件，檢測人員都必須出門做檢驗，因時間相當寶貴，通過檢驗後就可放進貨櫃外銷。
擁有高精密的「液相層析串聯式質譜儀」（LC/MS/MS）與「氣相層析串聯式質譜儀」（GC/MS/MS）的興大農產品農藥殘留檢測中心，是國內相當具有公信力的檢測機構，每年檢測量已經達2000件左右，是台灣中北部地區重要的農藥殘留檢測中心。
檢測中心指出，「液相層析串聯式質譜儀」的機器非常靈敏且檢出效率高，以前檢測100多種農藥需要3至4個星期，現在20分鐘就可完成；且檢出結果與農業藥物毒物試驗所等多數檢測單位一致。
興大農產品農藥殘留檢測中心主任曾德賜表示，興大對送檢樣品品質要求很嚴格，送來的樣品如取樣不合格就退件，因此各單位會乖乖按標準取樣。
農藥檢測中心今年檢測量約2000件，有1100件是農糧署委託，而外銷芒果荔枝檢驗約300件，以及零星的民間委託案。曾德賜說，依檢測中心現在的規模，每年要達到4000件以上檢測量沒問題。