日月光排放強酸廢水及重金屬至後勁溪，是否影響周遭種植的農作物令人擔憂。農委會已要求農民不得再採收，並追查作物流向及檢驗。高雄市農業局為確保食用安全，也要求農民暫緩上市，停收期間的農作物損失將依市價全額補償。
台灣農村經濟學會理事長黃琮琪表示，農地一旦遭到重金屬污染，恐怕20年內都不得再使用，期間還得對土地進行層層整治、淨化，將重金屬吸附變成其他化合物。為避免有農田再遭污染，黃琮琪也建議政府嚴格管控農地農用。黃琮琪說：『(原音)我們的土地利用的名目都已經很明確，最好是農地農用，不要被拿來蓋工廠，然後隨意排放。到底台灣有多少農地，不要講農舍，被規劃為地下工廠，占用的面積相當龐大，而且根本沒有像各種政府規劃的工業區的廢水處理系統，直接排放到溪流或者是排水道。』
黃琮琪指出，現在有很多農地被用來蓋工廠，有些甚至是地下工廠，廢水處理系統並不完善，對於周邊農田的污染才令人憂心。
他也表示，目前台灣農村經濟學會正邀集國內各學者專家，針對農地保留問題集思廣益，希望將相關意見提供政府參考。