學生棒聯秘書長陳德華表示，過去接受以「委託案」辦理各項比賽，人事費可以列支出項目，後來改成「補助案」，不能列人事費用。相關人員依慣例報帳，因此在審計部查帳時發現科目不符；事實上，所有經費都用在辦比賽，絕無所謂的「挪用」，且不符的項目也已繳回。
段宜康並質疑第一屆黑豹旗棒球賽籌辦工作草率又匆促，11月1日教育部才發函通知各校，15日就截止報名，20日教育部即補助棒協700萬元（今年420萬元，餘為明年經費）；他質疑體育署因振興棒球計畫預算用不完，才趕快辦黑豹旗消化預算。
段宜康表示，黑豹旗號稱是台灣甲子園，但日本取名甲子園是因為在甲子園比賽，為什麼我國的高中棒球賽要叫黑豹旗？比賽場地原在天母和新莊，卻又把其中一個地點改到台中，才發生大直高中一度無法參賽的情形。
棒協秘書長林宗成表示，棒協接受體育署委託辦理黑豹旗，經費來自體育署，他不便多說；但黑豹旗並不是倉促舉辦，早在9月體育署就和棒協討論擴大舉辦高中比賽，讓更多學校參加，10月份啟動後續工作。
至於取名「黑豹旗」，棒協也表示，就是希望青棒選手在球場上能像黑豹般動作敏捷、迅速。