經合會是依據「海峽兩岸經濟合作架構協議」（ECFA）第11條規定，在兩會架構下，為處理與ECFA相關事務而組成的任務性、功能性的磋商平台及聯繫機制，輪流在兩岸舉行。
2011年2月22日於桃園舉行「兩岸經濟合作委員會（簡稱經合會）」第1次例會，正式啟動兩岸ECFA後續協商，雙方同意設置貨品貿易、服務貿易、投資、爭端解決、產業合作、海關合作等6個工作小組。
經合會第2次例會於2011年11月1日在杭州舉行，會中檢視ECFA早收計畫執行情形、後續協商進展及ECFA未來半年推動重點與規劃，並做出加強宣導ECFA的共識。
第3次例會於2012年4月26日在淡水舉行。兩岸已各自發布互設經貿辦事機構相關法規，雙方對推動兩岸經貿團體互設辦事機構事宜有共識，會中就互設經貿團體辦事機構有很多討論。
經合會第4次例會於2012年12月11日在廣州舉行，雙方就因應全球經濟情勢變化與加強兩岸經濟合作等交換意見；此外，檢視兩岸經貿團體互設辦事機構成果，雙方各核准第一家經貿團體，在對岸設立辦事機構。
兩岸經合會在今年打破過去每半年召開一次例會的慣例，一度引起「不開了」的猜測。經濟部次長卓士昭曾在8月表示，由於大陸方面商務部談判人員甫上任，需要時間了解業務，今年經合會例會「如果沒有議題要談，不要為了開會而開會」。
經合會第5次例會在今年順利召開，將循例檢視ECFA執行現況與推動議題進展；此外，也將就兩岸第2個經貿團體互設辦事機構等經濟合作事項交換意見。