國內市場所需的大豆絕大多數仰賴進口，因此農糧署東區分署，希望在全台最大的花蓮縣玉里鎮有機專區，推動水稻和大豆的水旱輪作，希望一方面提高糧食的自給率，同時也能夠活化農地，增加農民收益。
歷經105天的生長期，農民開始收割種植的大豆，長良有機專區，因為位在水源的末端，因此水量不足，僅能供應一期的水稻，不少農民紛紛放棄水稻，改種雜糧，3年前，在農糧署東區分署的輔導下，有農民開始嘗試，以大豆和小麥與水稻輪作。
農民 曾國旗：「我種旱(雜糧)的時候，我可能不需要水，我就可以把水供應到水稻裡面去，透過這樣土地的輪流，要種水稻的土地的水才會足夠，所以我們就從有機的栽培裡面，去做大面積的生產。」
總面積250公頃的，長良有機專區，目前有130公頃，已經通過認證，其中20公頃，正在執行水旱輪作，除了可以提高土地的使用率，增加國內糧食的自給率，也可以減少病蟲害 增強地力。
農糧署東區分署長 王長瑩：「半年是浸水的種水稻，那在旱作的病蟲害部分，就可以得到抑制，那另外半年在做旱作的時候，水田容易發生的病害跟蟲害，比如說像福壽螺，它就會得到一個抑制，豆類本身有很好的根瘤菌來固氮，所以在做下一期作，田間的氮肥施用量，就可以減少。」
只是目前大豆每一期的產量，每公頃僅約有5萬元收入，如果沒有大面積耕作，農民的收益有限，前來觀摩的農民雖有意願嘗試，但態度仍屬保守，因此農委會，也將在明年編列1千萬，來改善長良有機專區的農水路，希望藉此提高產量，以及農民輪作的意願。