國民黨立委王惠美聽聞此事直呼，「太過分了！」。她質疑，首都怎麼可能在南京？教小孩怎麼教得下去？她要教育部面對現實，不要做春秋大夢，「我們國家難道會因為首都在南京就更有競爭力嗎？」
民進黨立委李應元表示，教育部竟然發出這張史前時代的烏龍公文，真是唯恐天下不亂。他說，中華民國憲法絕無規定首都在南京的條文，教育部的無知實在令人驚訝。
親民黨立委陳怡潔也批評，馬政府此舉是去台灣化，若我國首都在南京，那現在的中華民國到底在哪裡？她批教育部「自創憲法」，因我國憲法並未對首都做出解釋，而目前我國主權實際行政範圍是台澎金馬與東沙、南沙，依國際慣例，台北市就是中華民國首都。
中學老師表示，現在地圖多採投影，很少採購大掛圖教具，投影地圖，中國首都多標示北京，目前教科書也無「中華民國首都在南京」字眼。教部這紙公文反而會引發不必要爭議。