當台灣把焦點放在中國大陸的防空識別區時，交通部民航局局長沈啟2日在立法院答詢時指出，日本的防空識別區與台北飛航情報區也有部分重疊，因此，即使民航班機是飛在台北飛航情報區內，日本仍要求台灣傳遞飛航計畫書，而我方基於飛安考量，從2009年便開始發送計畫書給日本。
但沈啟指出，即使送出飛航計畫書，日本軍機仍在空中進行攔截動作，嚴重影響飛安。沈啟說：『(原音)其實東經123度到124度之間，我們的飛機即使送了飛航計畫，也被日本防衛隊上去攔截，讓我們的同仁非常擔心，這個地方的事情是非常危險。當日下午其實有十幾架飛機都在上空，我們全部都不能放，我們的飛機管制造成非常大的危險，這是我們長久在123度那邊有長久的經驗。』
沈啟還強調，日本常常干擾台灣的航班管制。她說：『(原音)其實我們常常反而被日本的自衛隊，尤其在121.5的「Guard波道」裡面，不斷地干擾我們對民航機的管制。』
中國大陸劃設東海防空識別區，交通部已開始將飛經該識別區的飛航計畫發給大陸的民航局，此舉雖引發爭論，但交通部強調，傳遞飛航計畫書不涉及領土、領空及主權問題，主要是依據國際慣例及考量飛航安全。