行政院提出的「流域綜合治理特別條例草案」，明訂中央政府辦理治水工作，必要時可「委辦、委託或補助直轄市、縣（市）政府或農田水利會執行」。
民進黨立委柯建銘表示，水利會表面上像是公法人，但水利會這些人身上有很多錢，又不是公務機關，天天想找機會轉投資，治水應由政府來做就好。
民進黨立委李應元也說，他雲林家鄉的兩條溪，在某些地方，路的一側由水利會管、另一側由水利署管，常面臨雙方不同調。他認為，一定要讓中央目的事業主管機關在必要時和地方政府一起來做，才有一致性。
楊偉甫對此表示，水利會的系統由水利會來執行效率比較好，而水利署在上層就已經做了整體規劃，並非補助預算讓水利會來決定進行哪裡的工程。農委會副主委陳文德則說，六百億治水預算中，與水利會相關的部分只有十四億元，只佔了總數約二％。
國民黨立委李貴敏另質疑，依「預算法」規定，特別預算應針對特別情形，但行政部門似乎把特別預算常態化，預算法中唯一勉強可能成為編列特別預算法源者，大概只有「重大災變」。