初審通過條文明定，適用範圍為行政院核定流域綜合治理計畫所明列的直轄市、縣（市）管河川及區域排水、農田排水、水產養殖排水、雨水下水道、上游坡地水土保持及治山防洪區域。
初審通過條文也明定，中央主管機關為經濟部，應會同各中央目的事業主管機關依流域整體規劃及綜合治水原則、政策及優先秩序，擬訂流域綜合治理計畫。中央目的事業主管機關為辦理特別條例各項工作，必要時可委辦、委託或補助直轄市、縣（市）政府或農田水利會執行。
有關治水經費上限及施行期間，行政院版是6年新台幣600億元，以特別預算方式編列；民主進步黨立法院黨團版是8年800億元；中國國民黨籍立法委員翁重鈞提案建議6年1000億元，經討論仍沒共識。
國民黨籍立委邱文彥表示，應等水患治理特別條例檢討報告出來，再具體規劃。經委會決議，將相關條文送協商。
經濟部水利署長楊偉甫下午受訪表示，每年執行100億元是依據過去經驗，品質與執行能量能達穩定程度，過去已規劃、較優先部分缺的經費列入這期計畫，預計6年執行完成，重新檢視後如有必要再提後續計畫。這期計畫行政院主導性較強，現在水患消除已有成效，但消除方法須更宏觀，治水不要完全靠工程方式。
初審通過條文也明定，為降低開發衝擊並推動流域出流管制，土地開發利用或變更使用計畫應優先運用低衝擊開發方式，以增加透水、滯洪與綠地面積及不增加下游河川、排水系統負擔為原則，並不得妨礙原有水路的集、排水功能，且不能阻礙上游地區的地表逕流通過。