食品藥物管理署副署長姜郁美指出，已依據食品衛生管理法第四十條去函要求周刊提供檢驗方法、檢驗單位以及判讀依據。
食藥署︰周刊所指八種乳品 檢驗合格
姜郁美指出，周刊所指的九種乳品，除了市面上已經買不到的木瓜牛奶之外，其餘都已完成第一階段的四十八種磺胺劑、奎諾酮類抗生素檢驗，結果是八種均無檢出。
負責檢驗的陳良宇︰確實驗出代謝物
至於周刊質疑「驗出的禁藥，農委會和衛福部都沒有檢驗？為何不驗代謝物？」負責檢驗的學者陳良宇也在商周官網上po文自清，他表示︰「藥品到代謝物還有一段過程，有代謝物就一定有這樣的東西，一定有廠商生產這樣的東西，一定有人有管道用下去。這些東西是否無害應該是政府的工作，要找毒理的人，要找藥理的人，我只是檢驗的人，剩下的真的要靠政府才行！」對自己的檢驗報告負責。
姜郁美表示，代謝物並沒有標準品，國家實驗室的檢驗方法以及證據取得都要非常嚴謹，而且「代謝物可以稱為禁藥嗎？」
她也強調，不管是可以用在動物身上的藥品，或是先前被懷疑可能誤用在動物身上的藥品，都會列入檢驗。
衛福部也正持續開發新的檢驗方法，只要知道有新的物質出現，就會開發新的檢驗方法，不會只針對正面表列的藥品檢驗，不該用的也一樣會檢驗。
針對衛福部食藥署限期要求商周提出證據，否則依法開罰，商周則表示：「我們還沒收到文（指正式公文），等收到文，看內容再研究處理。」
商周六問聲明稿︰報導只是起了頭
商周集團品牌公關部林秋寶強調，誠如商周提出的「六問」聲明稿所期待的，此次商周的報導只是起了頭，重點是希望政府能夠注意到有無不合法動物用藥？並希望大家與政府共同努力建構一套完整的檢測方法及標準。