有的金額很小 卻仍要按月計算
衛福部社會保險司司長曲同光表示，大家是否接受補充保費採年度結算的方式，還要在健保會討論，若未來採年度結算，比較會以整體結算的方式，也就是不會分利息或是股利等，而是以民眾一整年所有的收入做為結算。至於費率及收入金額多少，才要收補充保費？目前並沒有規劃，要列入未來討論項目。
一位不願具名的財稅教授表示，補充保費收的好，並不代表好，因為不公平，依財稅資料中心的資料，國人利息收入總額就佔了全體股利的一半，但補充保費收下來，從利息收得的補充保費卻只有股利補充保費的四分之一，比例失真，意味著有人懂得以「拆單」或是避開「下限」來規避補充保費，其不公平性相當清楚，補充保費早就該採所得總結算方式，才能減少不公。
不少人拆單來規避補充保費
醫改會研發組組長朱顯光表示，補充保費的公平性問題依舊存在，包括社福團體因執行政府委託或補助計畫而增加的補充保費負擔、有一定雇主的受僱者獎金有四個月的免扣額度、兼職所得只要超過五千元就要收補充保費等，年度結算仍有其受限及不足，建議應朝家戶總所得改革。
楊志良︰對一般民眾不公平
前衛生署署長楊志良表示，現行補充保費對雇主是比較公平的，因為雇主支出的所有人事費用扣掉薪資部分，全部都要依二％繳交補充保費，無法像過去可以用獎金或是津貼規避，但對一般民眾卻相當不公平，分了六大項，又有上、下限，有些職業類別要繳，有些職業類別不要繳，未來補充保費唯有走向家戶總所得，才是真正公平的制度。
不過，消基會名譽董事長謝天仁表示，採結算方式，對健保財務有其風險，且這個點要怎麼切也是一個問題，因為要到年底才知有多少，收進來又要好幾個月，不利健保財務的控管及來年評估。