他說，台灣目前發展遇到3大挑戰，全球化讓台灣在區域整合中可能被邊緣化；民主化後，多元力量角力使決策機制失去效率；兩岸關係正常化後，對中國的傾斜與依賴變成難題。
林佳龍表示，他提出「新區域主義」概念，解構中央、地方政府關係，中央政府下放權、錢及人給地方政府，讓地方政府有都市規劃權、產業發展決定權、財政收支權及人事權等，走向財政聯邦主義。逐漸形成的6都就能適性發展，成為帶領經濟前進的領頭羊。
他說，以都會城市為主的「次區域經濟」可打破過往國家對國家的經濟合作模式，避開過去參加國際組織的零和競賽，讓中國了解這些拓展不具政治進程，進而使台灣的國際參與更活絡。
林佳龍用切蛋糕比喻，「新區域主義」是將蛋糕橫切一刀，上下分層為中央政府與地方政府。中央政府仍負責外交、國防等國家政策，經濟發展則交由地方政府全力衝刺。
他稱「新區域主義」是政經聯立方程式，能同時解答政治、經濟問題。他說，比起只思考各種主權論述，不如從經濟下手，「沒有經濟，談何政治上的獨立？經濟拚起來後，兩岸關係都好談」。