國內這幾年投入相當多資源與人力進行台灣鮭的復育與棲地保護，但由於台灣鮭族群窄化，大多屬於近親繁殖，一旦環境變化，就不利族群生存。
海洋大學花了2年時間與民間生技公司合作，展開台灣鮭的全基因體解碼計畫，目前已經完成80%以上的全基因體覆蓋度，預計年底可達85%，推估可找出3萬個功能性基因，其中包括和台灣鮭的性別分化及環境適應相關的功能性基因，對於如何避免台灣鮭近親交配及未來的復育工作有極大的幫助。海洋大學校長張清風說：『(原音)牠很脆弱，因為牠種太接近了，我們幾千隻，恐怕牠父母親只有來自極少量的部分。不要讓牠在近親交配，當然這個影響很大。』
海洋大學表示，台灣鮭基因解碼後，除了有助於生殖調控，也可經由基因資料庫的建立，進一步了解陸封型台灣鮭的環境適應能力與演化關係。