此外，調查報告指出，對於偵辦前副總統呂秀蓮及總統馬英九特別費案的檢察官侯寬仁，在2案中訊問被告的態度、用語及方式「已非妥適」。調查報告認為，檢察官辦案應謹守發現真實與保障人權的分際，以維護司法威信。
前副總統呂秀蓮2012年9月到監察院陳情，認為特別費案偵辦「辦綠不辦藍」、「濫權起訴」等。
黃煌雄等3名監委調查後提出調查報告，今天經過委員會通過後，黃煌雄傍晚召開記者會指出，特偵組偵辦特別費案，自民國96年4月到100年7月，中間曾在97年2月至98年12月，因偵辦前總統陳水扁國務機要費等案，而簽准暫停偵辦特別費案。
他表示，在第一階段（97年2月之前）的確給人「辦綠不辦藍」的印象，但是就特別費案整體偵辦來看，並沒有「辦綠不辦藍」的情形。
99年1月之前還在擔任檢察總長的陳聰明，接受監察院詢問時表示，「坦白講民進黨吃虧主要在於大部分都現任首長，且任職期間比較短，調取資料的流程比較容易，因此較能在短期間內釐清」。
不過，黃煌雄認為，特偵組偵辦特別費案，屬恪盡職責，但面對呂秀蓮的質疑，特偵組仍應抱持審慎公正的態度，不斷精進，以符社會期望。
而對於特別費案偵辦期間，曾延緩偵辦期程1年3個月，引發外界對於案情略同，處置確有不同的疑慮與不安，黃煌雄認為特偵組「核有怠失」。