另外，主管機關要求優先投資權人提前繳納保證金之處分，亦為違法行為(違反大眾捷運系統土地開發辦法第17條及18條)，當時好不容易有家符合資格之開發商(皇翔建設)，為國內知名開發商，與地主完成簽約，當時捷運局常局長竟表示：雙子星大樓不可預售、不可買賣、不可分割。要求開發商趕快與地主解約，開發商不敢不從，因而解約造成私地主嚴重傷害。享有優先投資權之私地主們，在開發商突然解約後，立即於3月2日緊急要求依法延期至6月5日，但捷運局於3月5日卻回函堅決表示「不可延期」。連送達文書之日均無法扣除，實已嚴重違法侵害投資人之權益，地主迫於無奈，因此提告捷運局(侵權)違反行政程序法，亦於99年獲最高行政法院99年度判字第987號及高等行政法院99年更一字第107號判決私地主勝訴，捷運局「違法」。
按土地所有權係憲法保障之基本權利，國家不得任意剝奪、侵害之。相關重大政府建設，皆應兼顧公益與私益，政府不應以高權介入與民爭利，是以當私地主土地決定與公地主聯合開發時並簽訂大眾捷運系統土地聯合開發契約書時(如附件1)，公地主係代表政府，應維護私地主之權益，並協助私地主參與公共事務，而非反之與私地主爭利，然查許多開發案，在官商勾結伸入黑手操縱下，例如臺北市眾多聯合開發案，捷運局均將私地主的優先權視為無物，包括冠德建設、新店美河市、大橋頭、淡水等聯合開發案，均因私地主無法行使優先權，而引發訴訟，其中弊端叢生。為使未來捷運系統聯開案及相關重大工程聯開案，在投資開發建築過程中，不再讓政府機關有濫用權限之可能，而影響業界投資建築之損害性，且避免衍生類似侵害私地主權利之紛爭，特以此論文併合研究參考各個相關文獻及案例，希冀提出建議及因應方向，作為杜絕弊端，將各式紛爭徹底解決之參考。公權力與私經濟活動間的衝突與磨合，在法律上均各有所據，而在眾多重要經濟建設與民生相關之建築方案中，連帶影響權利變動及如何救濟，就實務處理上而言，存在著許多弊端，此均與廠商、人民權益及後續救濟途徑息息相關，實具有研究價值。（本文作者為淡江大學土木工程博士生）